Дифференциальный диагноз заболевания должен проводиться с острым аппендицитом, обострением язвенной болезни, инвагинацией кишечника.
Для острого аппендицита характерны внезапное начало, наличие локального защитного напряжения мышц передней брюшной стенки, субфебрильной температуры, симптомов раздражения брюшины, задержка стула. Болезнь Крона начинается постепенно, протекает при мягкой передней брюшной стенке без признаков раздражения брюшины, сопровождается поносом, лихорадкой, хотя больные ведут себя активно, легко меняют положение. Учет этих данных позволяет достаточно четко провести дифференциальную диагностику между указанными патологическими процессами. В неясных ситуациях показана лапароскопия или лапаротомия.
Для дифференциальной диагностики с язвенным кризом необходимо учитывать анамнестические данные, проведенные в прошлом исследования желудка, длительную локализацию болевого синдрома в эпигастральной области. Решающее значение имеют рентгеноконтрастное исследование желудка и двенадцатиперстной кишки и фиброгастродуоденоскопия.
Инвагинация кишечника чаще наблюдается у детей. Для нее характерны схваткообразные боли, неравномерное вздутие живота, наличие чаш Клойбера и ряда других признаков кишечной непроходимости. Необильные кровянисто-слизистые выделения из прямой кишки наблюдаются вне поноса. Рентгенологический контроль пассажа сернокислого бария по кишечнику позволяет разграничить эти заболевания.