Дифференциальный диагноз болезни Гиршпрунга, болезнь Гиршпрунга необходимо отличать прежде всего от вторичного мегаколона. В основе его лежат маханические причины: свищевые формы атрезии заднего прохода и прямой кишки, стеноз прямой кишки, атрезия вышележащих отделов кишечника; длительную задержку стула могут вызывать опухоли брюшной полости и забрюшинного пространства, спаечный процесс брюшной полости, стриктуры заднего прохода и прямой кишки после воспалительных процессов и травм.
Вторичный мегаколон на почве механических препятствий в области анального отверстия и прямой кишки выявляется путем тщательного сбора анамнеза, внимательного осмотра, пальцевого исследования и ректороманоскопии. При этом находят рубцовые деформации, сужение просвета кишки, наружные или внутренние свищи. Рентгенологически определяется расширение прямой кишки и сигмовидной выше места сужения. Механические препятствия в вышележащих отделах кишечника обнаруживаются при ирригографии, где ободочная кишка прослеживается в виде тонкого шнура, или при колоноскопии.
При идиопатическом, или функциональном, мегаколоне вся ободочная кишка резко растянута, без суженных участков. Заболевание развивается постепенно. В первое время после рождения обычно стул не нарушен.
Врожденное удлинение сигмы (dolichosigma) характеризуется поздним появлением клинических симптомов. Запоры не длительны, при изменении режима и диеты сменяются регулярным стулом. Отсутствует увеличение живота. Контрастное рентгенологическое исследование толстой кишки уточняет диагноз.
Во всех перечисленных вариантах мегаколона в отличие от болезни Гиршпрунга при гистологическом исследовании кишечной стенки не обнаруживается аганглионарных участков.